Năm 2003, Kerr bắt đầu hẹn hò với một nhân viên môi giới trong ngành tài chính là Adrian Camilleri. Theo một điều tra nghiên cứu của ASIC, Camilleri bị cáo buộc phạm tội tại năm điều của hành vi gian lận từ tháng 2 năm 2003 tới tháng 2 năm 2004. Kerr đã ngay lập tức chấm dứt mối quan hệ này. Một bài báo được đưa ra năm 2007 cho rằng Miranda đã chịu thiệt hại không ít về tiền bạc sau khi nghe theo lời khuyên về tài chính từ người yêu nhưng sau đó cũng không chọn việc đáp trả bằng các hành động pháp lý.[13]

Miranda chính thức hẹn hò với Jay Lyon (Brent Tuhtan), giọng ca chính của ban nhạc Tamarama, từng xuất hiện trong một mùa của chương trình The City trên kênh MTV. Kerr cũng từng tham gia góp mặt trong video clip for "Everything To Me" của nhóm này. Cả hai bắt đầu hẹn hò vào năm 2003 và kéo dài 4 năm sau đó và cùng chấm dứt vào giữa năm 2007.[14]

Kerr bắt đầu hẹn hò với nam diễn viên người Anh Orlando Bloom vào cuối năm 2007.[15] Năm 2009, một nhóm tội phạm là Bling Ring đã đột nhập vào nhà của Bloom. Chúng lấy cắp trang sức và quần áo của các thương hiệu cao cấp. Trong vụ này, kẻ cầm đầu khai nhận muốn lấy cắp chiếc áo lót mang hiệu Victoria's Secret của Miranda.[16] Kerr và Bloom công bố đính hôn vào tháng 6 năm 2010,[17] và kết hôn ngay tháng sau đó.[18] Kerr đã sinh một con trai là Flynn Christopher Blanchard Copeland Bloom vào tháng 1 năm 2011.[19][20][21] Tên đệm Christopher của cậu bé được lấy từ tên của người yêu cũ của Miranda[22] là Christopher Middlebrook[23] người đã chết vì tai nạn giao thông năm 1998 lúc 15 tuổi.[24] Tháng 10 năm 2013, Kerr và Bloom tuyên bố đã ly thân vài tháng trước đó và dự định chấm dứt cuộc hôn nhân này.[25]

Cô là đức tin theo Giáo phái Nichiren thuộc Tổ chức Phật giáo Sōka Gakkai[26] và tin rằng "con người có khả năng mang lại hòa bình và an lành cho thế giới". Với niềm tin đó, Kerr cầu nguyện Nam Myoho Renge Kyo mỗi sáng và tối, tập yoga, suy ngẫm, và đọc sách khai sáng tinh thần.[8] Cô cũng duy trì chế độ luyện tập gồm yoga hằng ngày, đi bộ nhẹ nhàng, và một chế độ ăn kiêng gồm rau củ qua hấp, trái cây tươi, cá.[27] Mẹ cô là bà Therese hiện là quản lý cấp cao cho hãng mỹ phẩm KORA Organics của con gái kể từ tháng 2 năm 2010.[28] Công ty này được thành lập tại Sydney.

Miranda tiết lộ với độc giả của tờ Cosmopolitan ấn bản Úc là bí quyết để có làn da sáng mịn, mái tóc óng mượt và thân hình cân đối của cô là việc hấp thu 4 thìa ca phê dầu dừa mỗi ngày, cho cả vào rau quả trộn, món ăn tự nấu mỗi ngày và uống trà xanh.[29][30]